С 1832 г. Зоологический музей знакомит посетителей с многообразием животного мира в разных уголках планеты. В его залах находится более 30 000 экспонатов, часть из которых сохранилась еще с петровских времен. Помимо отдельных экскурсий, на базе музея проводятся циклы лекций для детей самого разного возраста и подготовки.
Музей "Вселенная Воды" устроен по принципу европейских музеев, включающих в себя традиционную историческую ("Мир воды Санкт-Петербурга") и современные интерактивные ("Подземный мир Петербурга" и "Вселенная воды") экспозиции.
Посещение экспозиций "Подземный мир Петербурга" и "Вселенная Воды" только с экскурсиями. Также специалисты музейного комплекса разработали более десятка интерактивных программ, рассчитанных на детей разного возраста – от дошкольников до подростков.
Регулярно в музее проводятся семейные тематические интерактивные программы, а также программы, посвященные различным праздникам и событиям.
В обсерватории есть Астрономический музей, экспонаты которого отражают историю развития российской астрономии XIX-XX веков. Экскурсионная программа включает в себя также знакомство с главными действующими инструментами обсерватории: 26-дюймовым телескопом-рефрактором, Большим Пулковским радиотелескопом, Солнечным телескопом и парком обсерватории.
Экскурсии в обсерваторию проводятся только для групп в сопровождении экскурсоводов, по предварительному заказу.
Планетарий основан в 1959 г. Открыты 7 залов: Звездный зал, Обсерватория, Лаборатория занимательных опытов, зал занимательных иллюзий, зал "Планетка", зал "Космическое путешествие", зал "Кругозор". Каждый зал работает по сеансам по своему расписанию.
Здесь проходят научно-популярные программы-лекции по астрономии, природоведению, географии, физике, искусству.
Музей знакомит с миром оптико-информационных технологий. Здесь можно своими глазами увидеть удивительные оптические явления, раскрыть тайны различия голограмм и оптоклонов, найти выход из зеркальной комнаты Леонардо, "оживить" фотографии в комнате цветных теней, посетить лазерную игротеку и даже небольшой планетарий!
Экспозиция включает в себя образцы выпечки с древних времен до наших дней, самовары и вывески торговых заведений. В музее можно увидеть городскую пекарню со всем оборудованием и блокадные 125 граммов хлеба из жмыхов, овсяной муки, мучной пыли и гидроцеллюлозы.
Для детей Музей хлеба проводит познавательные занятия. Самым маленьким рассказывают, как раньше выращивали и выпекали хлеб, знакомят с бытовой мифологией, показывают мультфильмы. Дети постарше узнают о традициях русского чаепития.
Петровская Кунсткамера - первый российский естественно-научный музей - вырос из коллекции "Государева кабинета", экспонаты которого Петр I собирал во время великого посольства. В Кунсткамере представлены культура и быт разных народов: Северной Америки, Японии, Африки, Китая и Монголии, Индии и Индонезии. Анатомический раздел представляет экспонаты с природными редкостями. История Кунсткамеры и русской науки XVIII в. включает три экспозиции, объединенные названием "Музей М.В. Ломоносова".
Основанный в 30 г. XX в., в разгар эпохи советских экспедиций по освоению полярных зон планеты, Музей Арктики и Антарктики - самый крупный полярный музей мира. В экспозиции представлены археологические памятники и реликвии, относящиеся к истории освоения Северного морского пути. В числе экспонатов также приборы и экспедиционное снаряжение, письменные, картографические и печатные источники, фотодокументы. В фондах музея хранятся фотографии, запечатлевшие многие значительные события в Арктике.
Коллекции музея освещают традиции, бытие и культуру 158 народов России и сопредельных стран Восточной Европы, Кавказа и Центральной Азии, с конца восемнадцатого века и по сегодняшний день.
Музей предлагает ряд образовательных и рекреационных программ для детей.